En Puerto Rico existen varias localidades que son zonas protegidas por gran biodiversidad y abundancia de especies nativas o endémicas que son parte esencial del ecosistema de la isla. El Departamento de Recursos Naturales y Ambientales (DRNA) actualmente administra 59 zonas, entre ellas bosques, reservas y áreas naturales protegidas. Al ser zonas protegidas por el Estado, estas zonas tienen menos probabilidad de sufrir disturbios provocados por acciones humanas. Esto proporciona varios lugares a través del país en donde la flora y fauna local puede crecer y desarrollarse en su hábitat natural de y sin intervención humana. Sin embargo, gran cantidad de especies nativas y endémicas de plantas ocurren fuera de estas zonas protegidas.