Poco se conoce sobre el origen de los ancestros taínos que habitaron en Puerto Rico, pero dos investigaciones independientes, en las que participaron el antropólogo molecular Miguel Vilar y la antropóloga genetista María Nieves Colón, revelaron la procedencia de las primeras comunidades que poblaron el Caribe.

Registros arqueológicos establecen que el Caribe fue poblado hace más de 6,000 años antes del presente (AP).